โรงเรียนเซนต์จอห์นท่าบม ใช้หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2544 และใช้เต็มรูปแบบในปีการศึกษา 2546 โดยกำหนดโครงสร้างหลักสูตร ในแต่ละช่วงชั้นนักเรียนจะต้องเรียนทุกกลุ่มสาระการเรียนรู้รวมทั้งสิ้น 8 กลุ่มสาระ ดังนี้ คือ ภาษาไทย คณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ การงานอาชีพและเทคโนโลยี ภาษาต่างประเทศ สังคมศึกษา ศาสนาและวัฒนธรรม ศิลปะ สุขศึกษาและพลศึกษา ในแต่ละสาระการเรียนรู้ จะแบ่งเป็นสาระพื้นฐานและสาระเพิ่มเติม ตามที่กำหนดไว้ในโครงสร้างหลักสูตรของโรงเรียน ทั้งนี้โดยเน้นภาษาอังกฤษ เทคโนโลยี และการเรียนรู้เกี่ยวกับประเทศเพื่อนบ้านเพื่อเตรียมความพร้อมให้นักเรียนสู่การเป็นประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน อีกทั้งมุ่งเน้นการอบรมสั่งสอนให้เป็นผู้มีความรัก ความเมตตา ความเอื้ออาทร รักสันติ ไม่ใช้ความรุนแรงในการแก้ปัญหา ใส่ใจปัญหาต่างๆ ในสังคม และอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม
คุณลักษณะอันพึงประสงค์ของนักเรียนโรงเรียนเซนต์จอห์นท่าบม
1. เป็นผู้มีความซื่อสัตย์ มีระเบียบวินัย มีความพากเพียรอดทน มีความรับผิดชอบ เอื้ออาทร และช่วยเหลือกันและกัน
2.เป็นคนดีของสังคม ดำรงรักษาคุณงามความดีของโรงเรียนและครอบครัว ภูมิใจในความเป็นคนไทยและรักท้องถิ่นของตน
3.เป็นผู้ใฝ่หาความรู้ตลอดชีวิต มีวิสัยทัศน์กว้างไกล รู้เท่าทันโลก มีความสุขุมและใช้สติปัญญาแก้ปัญหา
4.เป็นผู้รักสันติ มีความสุภาพเรียบร้อย ทำงานร่วมกับผู้อื่นอย่างมีความสุข ภูมิใจในผลงาน
5.เคารพศักดิ์ศรีความเป็นมนุษย์ของทุกคน ไม่ละเมิด ไม่ชิงสุกก่อนห่าม
6.ใส่ใจปัญหาต่างๆในสังคม และหาวิธีการแก้ปัญหาและช่วยเหลือเท่าที่พึงจะทำได้ โดยเฉพาะผู้ยากไร้และเปราะบาง